Μετά την Κρητική επανάσταση του 1896, η Κρήτη απέκτησε την ανεξαρτησία της από την Οθωμανική αυτοκρατορία. Μέχρι το 1913, που ενώθηκε με την κυρίως Ελλάδα, τελούσε ύπο την προστασία των Μεγάλων Δυνάμεων με το όνομα Κρητική Πολιτεία. Ανάμεσα στις άλλες ελλείψεις του νέου κρατιδίου ήταν και η έλλειψη σύγχρονων φαρμακείων, καθώς μέχρι τότε υπήρχαν μόνο «ιατρικά φαρμακεία» δηλαδή ιατρεία που προμήθευαν και τα φάρμακα στους ασθενείς.
Για να καλύψει αυτή την ανάγκη, η πολιτεία κάλεσε σε εξετάσεις και έχρισε τους πρώτους έξι φαρμακοποιούς της Κρήτης, ανάμεσα τους και τον Γιάννη Κούνουπα, τον επονομαζόμενο «Σπετσέρη» και ιδρυτή του Φαρμακείου Κούνουπα στο Ρέθυμνο, αρχικά στην οδό Τσουδερών και στη συνέχεια στη Νερατζέ. Είχαν προηγηθεί πολλά χρόνια εξάσκησης σε μεγάλα φαρμακεία των τότε αστικών κέντρων της Μεσογείου: στο «Φαρμακείου του Κρίνου» στην Αθήνα, στην Σμύρνη και τέλος στο Κάϊρο.
Σε εποχές που όλα τα φάρμακα και πολλά καλλυντικά ήταν «φτιαχτά» δηλαδή παρασκευαζόμενα στο εργαστήριο του φαρμακείου, η εμπειρία αυτή στάθηκε πολύτιμη για το νέο Κρητικό φαρμακείο. Σύντομα το φαρμακείο Κούνουπα απέκτησε φήμη για την πληρότητα του, τις οικονομικές τιμές και κυρίως για την φροντίδα με την οποία περιέβαλε τους πελάτες του και πιο πολύ τους οικονομικά αδύναμους.
Το 1953 το Φαρμακείο πέρασε στα χέρια του Ανδρέα Κούνουπα, γιο του Γιάννη, παντρεμένου με την επίσης φαρμακοποιό Μεταξία Βεκιαρίδου. Ήταν η εποχή που τα ιδιοσκευάσματα, τα έτοιμα δηλαδή φάρμακα της βιομηχανίας, αντικαθιστούσαν με ταχύ ρυθμό τα προϊόντα του εργαστηρίου και μαζί άλλαζαν την όψη των φαρμακείων. Κοντά στα φάρμακα προστέθηκαν και νέα είδη: τα καλλυντικά της εποχής, τα ορθοπεδικά είδη, παιδικές τροφές κ.α.
Το Φαρμακείο Κούνουπα, μετακινήθηκε για ακόμα μία φορά, από την Νερατζέ στην οδό Αγίας Βαρβάρας και τελικά το 1965, στη σημερινή θέση του επί της οδού Μανιουδάκη 19, απέναντι από την Μητρόπολη Ρεθύμνου. Οι αλλαγές όμως αυτές δεν επηρέασαν στο ελάχιστο τις αξίες λειτουργίας του Φαρμακείου Κούνουπα: τον επαγγελματισμό, την αξιοπρέπεια, την προτεραιότητα στην εξυπηρέτηση του συνανθρώπου και την καινοτομία.
Το 1982 η σκυτάλη του Φαρμακείου πέρασε στον Γιάννη Κούνουπα, γιο του Ανδρέα, όπου αξιοποίησε όλη την πνευματική κληρονομιά που παρέλαβε για να συνεχίσει το έργο του Φαρμακείου και τελικά το 2008..
Μετά από 100 χρόνια συνεχούς προσφοράς στο Ρέθυμνο και τη δημόσια υγεία, υποδέχτηκε την τέταρτη γενιά στο πρόσωπο του Ανδρέα Κούνουπα, γιου του Γιάννη και πτυχιούχου φαρμακευτικής από το Πανεπιστήμιου του Brighton. Η νέα αυτή αλλαγή «φρουράς» συμβαδίζει με τις σύγχρονες απαιτήσεις για τα φαρμακεία, όπου προτεραιότητα είναι η σωστή επιστημονική συμβουλή και η ανάδειξη τους σε κέντρα υπεύθυνης πρωτοβάθμιας περίθαλψης.
