МБАЛ „Света Богородица” е създадена през 1997 г. по закона за Здравето, като Хирургична болница „Света Богородица”. Тя е първото частно лечебно заведение за болнична помощ в София със статут на болница. Предмета и на дейност тогава включва лечение на заболявания от областта на общата, коремната хирургия, очни болести, ортопедия и травматология, гинекология, пластична, естетична и реконструктивна хирургия, уши, нос и гърло, урология. Тогава болницата бързо се утвърждава като една от водещите в артроскопската, хирургията на щитовидната жлеза, офталмохирургията, пластичната и естетична хирургия. Тя е от пионерите на лапароскопската и артроскопсата хирургия в страната. Тогава в болницата са работили изтъкнати специалисти, като Проф. Венко Александров, Доц. Георги Тенев, Проф. Иван Матев, Доц. Георги Каменов, Доц. Борислав Дъбов, Проф. Атанасов, Доц. Антони Георгиев, Доц. Таньо Сечанов, като някои от тях продължават да работят и в момента. През 2001 година болницата е пререгистрирана по новоизлезлия закон за лечебните заведения, като СХБАЛ „Света Богородица” Тогава е пристроена и нова сграда в която е настанен стационара, отделението по реанимация и модерен операционен блок. При периодичните акредитации, болницата получава винаги най-високи оценки както за цялостната си дейност, така и за отделните структури. По договор с университета София-Антиполис от Ница, Фрация, в болницата периодично се обучават чуждестранни специализанти. През 2005 г. сключва договор с НЗОК като изпълнител на клинични пътеки, както работи и до сега. През 2011 г. лечебното заведение е пререгистрирано като МБАЛ „Света Богородица” с II ниво на компетентност на основните структури.
