El Hospital San Rafael de Pueblo Rico, adquiere categoría solo hacía el año de 1958, anterior a esta fecha y aproximadamente en el año de 1951-1952, se creó por disposición de la Secretaría de Higiene de Caldas el Centro Municipal de Higiene, denominado en ese entonces casa consistorial, se atendía todo lo relacionado con la salud de los habitantes de Pueblo Rico, también en el Corregimiento de Santa Cecilia existía un puesto de Higiene dirigido por el enfermero Francisco López, hacia 1948 el municipio adquirió un lote de terreno, pensando en ese entonces en la construcción de un Puesto de Socorro. Sólo hacia 1953, se inicia la construcción del puesto de socorro, bajo la gestión emprendedora del señor Pedro Julio Gallego, personero municipal y síndico de la junta de beneficencia.
En 1956 se inicia bajo el gobierno del General Gustavo Rojas Pinilla la construcción de la carretera Panamericana, trayecto Pueblo Rico - Tadó - Las Ánimas, vía al mar, gracias a esta obra se dota el Puesto de Socorro de los elementos necesarios y se eleva a la categoría de Hospital de campaña y los primeros usuarios fueron los obreros y empleados de obras públicas y contratistas que realizaban los trabajos de construcción de la vía. El Primer médico que tuvo a cargo el reciente Hospital fue el Doctor Fernando Londoño C. Hacia 1958 es el inicio legal y real de la ESE HOSPITAL SAN RAFAEL, la Secretaría de Salud traslado los funcionarios a la ciudad Manizales, e igualmente su dotación, solo permanecía una auxiliar de enfermería, la señora Teresa Zapata, el hospital es visitado mensualmente por el médico del vecino municipio de Apía.
En 1960 reinicia el Hospital labores bajo la dirección del doctor Pelaez, quien permanece al frente por espacio de seis meses.
En 1966 con la creación del departamento de Risaralda, Pueblo Rico toma un nuevo aire y por ende el hospital. En 1970 se suscribe un convenio interadministrativo ente el Municipio (junta de beneficencia), Gobernación del Risaralda y Servicio Seccional de Salud, para el manejo de la salud en el municipio, se concede al Servicio de Salud la Dirección Científica y funcionamiento del Hospital. En 1971 se dota al Hospital de una Unidad Odontológica, se aumenta la planta de auxiliares de enfermería a cinco, una aseadora, una lavandera, una cocinera, se organiza el archivo, se dota la farmacia, se adquiere mediante bingos, dos balas de oxigeno y un manómetro, se dotan las oficinas, se nombra el primer Asistente Administrativo señor Norberto Herrera.
En 1973 la Gobernación de Risaralda concede Personería Jurídica a la Junta de Beneficencia, en este mismo año se nombra otro Médico Rural y adquiere un lote contiguo al hospital con el fin de ampliar la Planta Física, En 1975 con la aparición del Sistema Nacional de Salud desaparece la Junta de Beneficencia y se asigna la Dirección Administrativa y Científica del hospital en el médico de ese entonces. En 1976 se adquiere la primera Ambulancia. En 1977 se dispone la construcción del área de Lavandería, Cocina y Garaje, desconcentrando estos servicios del área de Hospitalización y Consulta Externa. En 1979 se construye una tercera etapa, ubicando allí los servicios ambulatorios, se remodela la antigua cocina y dormitorios, se reubica la unidad odontológica y se adecua el local donde posteriormente funciona el laboratorio; para ese mismo año se nombra el primer Enfermero Profesional en la persona de Ligia Mantilla. En el año de 1980 se dispone por primera vez de un Laboratorio Clínico y su primer Bacteriólogo es la licenciada Martha Lucía Calvo. En 1986 mediante Acuerdo Nº012 de noviembre 20 fue creado como un Establecimiento Público del Orden Municipal. En 1990 se anexa como parte integral del hospital el Centro de Salud de Santa Cecilia. Por Acuerdo Nº150 de diciembre 9 de 1997 expedido por el Honorable Concejo Municipal, se aprueba su conversión en una Empresa Social del Estado, pero solo hasta mayo del año de 2002 se descentraliza la institución, y el día 05 de mayo de 2002 toman posesión los integrantes de la Junta Directiva. El 26 de diciembre de 2001 el Hospital San Rafael, El Municipio de Pueblo Rico y la Gobernación de Risaralda firman el Convenio de Eficiencia Nº000263 el cual hace parte del proyecto de Modernización de la redes de Servicios de Salud, con el objetivo de convertir a la ESE en una empresa viable lo que requería de una reestructuración de la planta de personal y saneamiento de las cuentas. El gerente de la nueva E.S.E. Hospital San Rafael fue el doctor ISNARDO URIBE MESA quien venía desempeñándose como Director del Hospital, después se han tenido 7 gerentes más y aunque los nombramientos son por períodos fijos de 4 años ninguno a culminado su período.
En el año 2005, con el crecimiento de la población y los nuevos requerimientos exigidos por la ley, el Hospital no cuenta con los espacios físicos para atender las necesidades actuales, en tal sentido el doctor JAVIER BOTERO BUITRAGO radica en el Ministerio de la Protección Social el Proyecto CONSTRUCCIÓN Y DOTACIÓN DEL NUEVO HOSPITAL, Las obras de construcción de la primera etapa se inician durante el mes de marzo del 2007 teniéndose proyectado la construcción de las áreas de urgencias, observación y sala de partos, las mismas son entregan totalmente terminadas en el mes de noviembre del mismo año, siendo inauguradas las obras el día 11 de noviembre de 2007, en la infraestructura entregada se habilita el servicio de Hospitalización. En las instalaciones de la sede habitual del Hospital quedan los servicios de Consulta Externa, Odontología, Laboratorio, Promoción y Prevención, Farmacia y áreas Administrativas. A finales del año 2011 se trasladan todos los servicios de la ESE HOSPITAL SAN RAFAEL, la doctora MARIA EUGENIA LEAL VELASQUEZ radica en noviembre de 2012 en la Gobernación de Risaralda el proyecto para la construcción de la III etapa.
En el mes de septiembre del año 2016, se radica en la Gobernación el proyecto denominado “Instalación, puesta en funcionamiento y adecuación de las áreas del equipo de rayos X de la ESE Hospital San Rafael” ; el cual se espera adquirir con el presupuesto participativo.
También en el mes de abril del año 2016, se da inicio a la construcción de la tercera etapa: propendiendo por la construcción de las áreas establecidas allí; para el mejoramiento de la prestación de los servicios de salud de baja complejidad a los usuarios del municipio.
