Misión: Proporcionar los servicios de salud en forma integral al individuo, la familia y la comunidad, y otorgar la protección económica, social y de pensiones, conforme la legislación vigente, a la población costarricense, mediante:
La capacitación continua y la motivación de los funcionarios.
La gestión innovadora, con apertura al cambio, para lograr mayor eficiencia y calidad en la prestación de servicios.
El aseguramiento de la sostenibilidad financiera, mediante un sistema efectivo de recaudación.
La promoción de la investigación y el desarrollo de las ciencias de la salud y de la gestión administrativa.
Visión: Seremos una Institución articulada, líder en la prestación de los servicios integrales de salud, de pensiones y prestaciones sociales en respuesta a los problemas y necesidades de la población, con servicios oportunos, de calidad y en armonía con el ambiente humano.
El Hospital San Rafael de Alajuela, se fundó en 1883, específicamente el 24 de octubre, en la sesión del 1 de Junio de 1882 se tomó el acuerdo para fundar un hospital y concretamente el 24 de Octubre de 1883, se inauguró el Hospital de Alajuela, contando con un médico, una enfermera y un portero.
Para el 12 de mayo de 1905, el Presidente Ascensión Esquivel inauguró oficialmente la planta física en la que se ubicó el Hospital. Contaba con tres pabellones y una cocina.
Estando bajo la tutela de la Junta de Protección Social de Alajuela, el 09 de setiembre de 1975 se acordó el traspaso a la Caja Costarricense de Seguro Social (CCSS), la cual se efectuó el 15 de enero de 1976.
Dado el crecimiento de la población y la necesidad latente de dotar a los habitantes de la provincia de Alajuela de un hospital que contara con más equipo médico y especialidades, el 4 de octubre del 2004 el nuevo Hospital San Rafael inició sus actividades, convirtiéndose en uno de los centros médicos más modernos en su diseño, construcción y equipamiento.
El Hospital San Rafael se encuentra ubicado en la provincia de Alajuela, siendo esta la segunda ciudad más poblada del país. Depende administrativamente de la Dirección Regional de Servicios de Salud Central Norte. Brinda servicios de un Segundo Nivel de atención.
La provincia de Alajuela cuenta con un índice de desarrollo social de 73.78 el cual es inferior a las provincias de Cartago y Heredia y superior a provincias como: San José, Limón y Puntarenas. Su extensión territorial es de 9.757,5 km² y cuenta con una densidad poblacional de 73,5 habitantes por km2.
El Hospital México es el centro de referencia para los pacientes que requieren una atención de un Hospital Nacional.
Al Hospital San Rafael de Alajuela le refieren los hospitales periféricos:
Hospital San Francisco de Asís
Hospital Carlos Luis Valverde Vega
