01/12/2025
☄️ ¿Cómo pasamos de listas de genes a estrategias de tratamiento en cáncer?
Spoiler: herramientas como GEPIA3 están haciendo justo eso.
🧬GEPIA3 es la nueva versión de una plataforma bioinformática que toma datos masivos de pacientes (TCGA), tejidos sanos (GTEx), genomas completos (PCAWG) y pantallas de fármacos en líneas celulares, y los convierte en algo accionable para la medicina de precisión en cáncer.
🔍¿Qué hace diferente a GEPIA3?
✅ Integra expresión génica, incluyendo genes codificantes y no codificantes (sí, también RNAs largos no codificantes), con datos de respuesta a más de 1000 fármacos antineoplásicos en pacientes y líneas celulares.
✅ Permite ver cómo la expresión de un gen (o firma de genes) se relaciona con supervivencia y con que un tratamiento funcione…o fracase.
✅ Construye redes de interacción: coexpresión, proteínas que se tocan físicamente, pares de genes en letalidad sintética o con mutaciones que se excluyen mutuamente. Ideal para encontrar vulnerabilidades del tumor.
✅ Incorpora alteraciones a nivel de RNA: uso alternativo de promotores, fusiones de genes y expresión alélica desequilibrada, para entender cómo se desregulan esos genes más allá del simple “está alto o bajo”.
🧪 ¿Por qué es clave para la investigación translacional en cáncer?
🧷 Del gen al fármaco:
Podemos preguntar, por ejemplo, si la sobreexpresión de un gen (incluyendo un lncRNA) se asocia a resistencia a carboplatino o mayor sensibilidad a inhibidores de una vía específica. Eso ayuda a definir biomarcadores de respuesta y combinaciones terapéuticas más inteligentes.
🕸️ Redes, no genes aislados:
El cáncer no se entiende gen por gen. GEPIA3 muestra el vecindario molecular de un gen (incluidos lncRNAs) y sus socios en vías de señalización, permitiendo proponer pares en letalidad sintética que podrían explotarse terapéuticamente.
🧬 Integrar lo no codificante:
Aunque la herramienta es agnóstica al tipo de gen, para grupos como el nuestro (RNAs largos no codificantes en cáncer) es oro puro:
* Podemos ver si un lncRNA se asocia a mejor/peor pronóstico.
* Explorar si su expresión marca sensibilidad o resistencia a quimio o terapias dirigidas.
* Identificar redes donde los lncRNAs son nodos centrales de regulación.
🏥 Puente hacia la clínica:
Al trabajar directamente con datos reales de pacientes (supervivencia, tratamientos recibidos, respuestas) y cruzarlos con pantallas funcionales (CRISPR) en líneas celulares, GEPIA3 ayuda a priorizar biomarcadores y dianas con mayor probabilidad de trasladarse a ensayos clínicos.
🧠 En resumen
Herramientas como GEPIA3 están cambiando el juego: ya no solo describimos qué genes (y lncRNAs) están alterados en el cáncer, sino que empezamos a responder qué fármacos podrían funcionar mejor, en qué pacientes y a través de qué redes regulatorias. Para quienes estudiamos el 98% no codificante del genoma, esto significa tener un mapa para demostrar que ese “ADN basura” es, en realidad, parte de los circuitos de control más finos y explotables del tumor.
Imagen y texto adaptados de:
Kang, Y. J., Pan, L., Liu, Y., Rong, Z., Liu, J., & Liu, F. (2025). GEPIA3: Enhanced drug sensitivity and interaction network analysis for cancer research. Nucleic Acids Research. https://doi.org/10.1093/nar/gkaf423
