El médico solicitó la ermita donde había estado la aduana, a fin de hacer de ella un hospital para atender a la población más necesitada de la época, que eran los Indios, Negros, Mestizos y Mulatos. En 1875 recibe el nombre de Hospital Morelos y se inicia su consolidación científica y técnica bajo el impulso de los doctores Gazano y Macías. Entre 1900 y 1910 se inició la cirugía ginecológica dirigida por este último. Entre 1914 y 1930 se implanta la cirugía vaginal, se sustituyen a las enfermeras prácticas por enfermeras tituladas; se generaliza la raquea y se inicia el uso del Salvarsán; se funda la sala de maternidad, y en ella se imparte la cátedra de obstetricia de la Escuela Nacional de Medicina y se construye un depósito de cadáveres. En el año de 1957 en consideración al hecho de que este hospital se ha dedicado desde los tiempos coloniales, y casi de forma ininterrumpida, a la atención de mujeres enfermas, se le pone el nombre de Hospital de la Mujer Dr. Jesús Alemán Pérez y se convierte así en un centro tocoginecológico que imparte atención médica en diferentes especialidades. Son múltiples las actividades para la enseñanza que el hospital presta en este momento y su progreso y rendimiento se encuentran en una fase de paulatino ascenso. Con los avances técnicos de la medicina y el nacimiento de la Ginecología como especialidad, el Hospital de la Mujer se transformó en una institución con los servicios básicos de Ginecología, Oncología, Cirugía y Pediatría, y sede de la Enseñanza de la Facultad de Medicina de la Universidad Nacional Autónoma de México y del Instituto Politécnico Nacional.
