El pueblo de San Marcos de Gollana de Pincush fue fundado en 1540 - 1545, en la época de la conquista por Martín Mendoza, soldado español que había luchado con Almagro en la guerra civil entre éste y Pizarro. Arribó al actual San Marcos huyendo del ejército de Pizarro (luego de la derrota sufrida en la batalla de salinas en 1538), dándole ese nombre en homenaje al santo patrón de su tierra en España. Antiguamente se le conocía con el nombre de “Gollana Pincush” que, según nos informan, significa cumbre legendaria, situada en el actual Centro Poblado de Huaripampa. Los Pincos fueron los antiguos moradores de esta región, ocuparon los territorios actuales de los distritos de San Marcos además de Huantar, Chavín, Uco, Paucas, Rahuapampa, Chaná, Pontó, Anra, Huacachi y Huachis, en los expedientes se sabe que se encontraban divididos en dos mitades: Ichoc Pincos y Allauca Pincos. Algunas fuentes mencionan a Allauca Pincos como Collna Pincos. Collana en runashimi, significa "principal", probablemente haya tomado este nombre porque en esa Saya se hallaba la Pachaca más importante y era el lugar donde residía el curaca principal del grupo étnico (León 1994: 144). Allauca Pincos: se encuentra en la parte derecha, y corresponde a los distritos de San Marcos, Huantar y Chavín de Huantar. Ichoc Pincos: se encuentra en la parte izquierda, y corresponde a los distritos de Huacachi, Rahuapampa, Ponto, Chaná, Huachis, Anra, Uco, Paucas, Rapayán y Huacchis. Buscando un clima más benigno para paliar su quebrantada salud, Martín Mendoza se trasladó a una pequeña meseta ubicada entre los ríos Carash y Mosna, de clima más apacible que pincos (por las mejores condiciones geográficas y climáticas), fundando así, en este lugar el pueblo el San Marcos de Gollana de Pincush (o tambien llamada Gollanapincos) en recuerdo del santo patrón de su terruño en España. La zona de la actual provincia de Huari incluye las ruinas de Chavín, en el distrito de Chavín de Huántar, vecino a San Marcos en dirección al Callejón de Huaylas. Chavín fue el centro religioso de una cultura de tipo teocrático que ejerció una influencia muy grande sobre una vasta zona del territorio peruano actual, principalmente en la Costa Central, pero también hasta Ayacucho. Esta cultura floreció entre los años 1,500 y 500 antes de nuestra era, y se caracterizó por sus conocimientos hidráulicos y el uso de la piedra en construcciones y tallados, además de metalurgia y cerámica. Posteriormente, en los primeros siglos de nuestra era, fue parte de la cultura Recuay (caracterizada por una cerámica avanzada y el vaciado y soldadura de metales), y entre los siglos siete y nueve fue parte de la cultura Huari, con centro en Ayacucho y vinculada a Tiahuanaco, que llegó a extenderse hasta Arequipa y Cusco, en el Sur, y Lambayeque y Cajamarca, en el Norte (su asentamiento importante más cercano fue Willcahuaín, cerca de Huaraz). Los Huari se caracterizaron por un avanzado arte textil con patrones transferidos también a su cerámica policroma, y por el desarrollo urbano. La zona fue subordinada a los Incas, al parecer de manera pacífica, bajo el Inca Pachacútec, en el siglo quince. Desde tiempos inmemoriales la zona es de tránsito o bisagra entre Costa y Selva y Norte y Sur del país. Huari es atravesada por el Qapaq Ñan o camino del Inca, existente desde tiempos preincaicos, con un ramal que comunica con la cercana Huanucopampa (principal asentamiento inca en el vecino departamento de Huánuco). Al parecer el camino inca tuvo un ramal que pasaba cerca de la ubicación actual de Minera Antamina y por San Marcos, y otro por Ayash y Huachis, que se juntaban en Huari. De acuerdo con los estudios de Alfredo Torero la zona forma parte del área originaria de la lengua quechua, en su vertiente serrana (el Sur de Ancash y el Norte de Lima). El nombre Conchucos combina la voz Con, de una divinidad, con la de Chuco, atuendo de cabellera o sombrero, y evidencia la vinculación de la subregión a zonas como Huamachuco y Santiago de Chuco, en la Sierra de La Libertad, al Norte. Entre los años 1542 a 1545, según los cronistas, fue adoctrinado por los dominicos y posteriormente por los agustinos por los años 1551. En diciembre de 1594 fue visitado por Santo Toribio de Mogrovejo. Su cura fue el padre Gaspar De Farías (dominico), sus anexos eran: Huachis, Huaripatay y San Jerónimo De Huachi. San Marcos tenía 361 habitantes; y en 1616 estuvo adoctrinado por los religiosos de la merced. Perteneció al corregimiento de conchucos, adscrito al cabildo de Huanuco desde 1542. El corregidor del partido de conchudos fue don Nicolás de Hostigoso y le sucedió don Juan de Barbarán. A partir de 1782 perteneció a la intendencia de tarma. En 1738 su cacique fue don Nicolás de Carvajal en 1762 Don Juan Augusto Llacupoma. Fue elevado a la categoría de distrito en la época de la Independencia. Según el censo del 20 de marzo de 1862 en el gobierno de Ramón Castilla, el distrito de San Marcos con sus nueve anexos o caseríos tenía 2614 habitantes. Por su densidad demográfica el Callejón de Conchucos fue una región de mucho peso en la Colonia, de lo que todavía dan testimonio sus antiguos templos católicos. Durante la República, y más aún durante el siglo XX, con la ruptura del eje económico andino por la integración vial longitudinal de la Costa y perpendicular de la Sierra y el reemplazo del arrieraje por el transporte automotor, la región perdió peso y se estancó económicamente. Su complejidad geográfica y su densidad poblacional llevaron, desde fines de la Colonia, a la sucesiva subdivisión de la antigua provincia de Conchucos en las actuales provincias de Huari, Mariscal Luzuriaga, San Luis, Fitzcarraldo, Antonio Raymondi, Pomabamba, Sihuas y Pallasca. San Marcos es conocida como “Paraiso de las Magnolias”, por la abundancia de estas flores en el distrito y particularmente en la ciudad. El primero en registrar una magnolia para el mundo occidental fue francisco Hernández, un físico de la corte española a quien el rey Felipe II envió a México en 1570, para que describiera los hallazgos de la flora del Nuevo Mundo. Gracias a su Nuova Plantarum Historia Mexicana, publicada en el siglo XVII, hoy sabemos que la magnolia ya existía en América a la llegada de los españoles. Se trata de especímenes tan antiguos, que según los botánicos, evolucionaron antes de que existieran las abejas, por ese motivo sus flores se han desarrollado de tal manera que pueden ser polinizados por escarabajos u otros insectos más grandes. De esta planta se han encontrado vestigios fosilizados con 20 millones de años de antigüedad.
