6月改制為醫院，定名為「枋寮內外科醫院」，設病床30床
1989年
更名為「枋寮醫院」，骨科、婦產科正式成立，病床增至50床；成為屏東地區區域醫療網之主要責任醫院，負責屏東地區緊急傷病之救援工作；成為恆春地區大量災難處理醫院
1990年
首次通過地區醫院評鑑
1991年
洗腎室通過評鑑；2月與高醫放射科建教合作，為期五年；6月血液透析室通過衛生署及腎臟科醫學會評鑑，成為屏南地區第一家附設洗腎中心之醫院；8月與高雄捐血中心簽約合作成立血庫，提供東港、潮州以南等地區之緊急供血服務
1992年
4月申請通過偏遠地區醫療發展基金貸款專案，並經衛生署同意醫院擴建
1993年
4月第二次通過地區醫院評鑑；9月擴建完成，一般病床增至99床
1996年
第三次通過地區醫院評鑑；第三次通過加護病房評鑑
1997年
通過外科住院醫師訓練醫院評鑑
1999年
第四次通過地區醫院評鑑；擔任屏東縣緊急醫療救護網恆春次區域之總推動召集醫院
2002年
1月與高雄長庚醫院簽訂醫療合作盟約，成立外傷科；配合政府政策推動IDS山地醫療整合服務，4月起於本縣春日鄉、 獅子鄉等衛生所，提供每週全天候門診及夜班急診醫療服務
2004年
7月擔任核災二級急救責任醫院角色
2006年
8月第五次通過地區醫院評鑑；9月設立老人照護病房
2008年
1月成功改制為「枋寮醫療社團法人枋寮醫院」
2009年
8月第一次通過新制醫院評鑑
2010年
奉衛生署指示成立「急診照護中心」；成為衛生署公告之公費醫師訓練後服務指定醫院；與國健局簽訂合約，成為癌症篩檢醫院；11月再次擴院，預計於2012年完工
2011年
申請並實施愛滋病替代治療補助計畫；申請並實施藥癮戒治美沙東替代治療
2012年
2月新建醫療大樓完工並啟用，總病床228床；7月第二次通過新制醫院評鑑
2013年
通過衛生署急診照護中心認證；3月成立遠見健康管理中心；5月成立體外震波碎石中心；9月成立獅子鄉長照據點;11月通過電子 病歷(實施範圍:出院病摘、門診病歷單、血液檢驗)
2014年
通過電子病歷(醫學影像級報告類)；通過健康促進醫院暨服務機構
2015年
通過高齡友善健康照護機溝
