Bajraktari u diplomua në Fakultetin e Mjekësisë në Universitetin e Prishtinës në vitin 1990. Ai ka mbaruar specializimin në Mjekësi Interne – Kardiologji në Qendrën Spitalore Universitare “Nënë Tereza” (Tiranë, Shqiperi) në vitin 1997. Ka maruar shumë trajnime në Kardiologjinë Klinike dhe Ekokardiografi në Itali (Spitalin Publik në Bassano del Grappa, Spitalin Publik në Magenta dhe “Niguarda CaʹGranda Hospital”-Milano), Francë (Spitali Publik i Annemasse) dhe në Zagreb (Qendra Klinike Rebro). Ai gjithashtu ka mbaruar Kursin e Kardiologjisë Intervente në Qendrën Silesiane për Sëmundje të Zemrës në Zabrze, Poloni. Ai ka mbaruar Studimet Pasuniveristare dhe ka mbrojtur Tezën e Magjistraturës (në Fakultetin e Mjekësisë, Universiteti i Zagrebit, Kroaci), në fushën e stres-ekokardiografisë. Ai ka mbrojtur tri doktoratura në fushën e Kardiologjisë Klinike: në Fakultetin e Mjekësisë, Universiteti i Prishtinës (2002), në Semmelweis University në Budapest, Hungari (2006), dhe në Umea University, Umea, Suedi (2014). Aktualisht, ai është Profesor i Rregullt për Mjekësi Interne – Kardiologji në Fakultetin e Mjekësisë të Universitetit të Prishtinës, Kryetar i Shoqatës së Kardiologëve të Kosovës, Kryesues i Grupit Punues për Pamjaftueshmëri të Zemrës (Shoqata e Kardiologëve të Kosovës), si dhe kërkues shkencor (post-doc) në Deparatmentin për Shëndetësi Publike dhe Mjekësi Klinike (Umea University, Suedi). Profesor Bajraktari ishte Dekan i Fakultit të Mjekësisë, Universiti i Prishtinës, nga 2009 deri 2011. Ai ishte Drejtor i Klinikës Interne në dy mandate, si dhe Drejtor i Klinikës së Kardiologjisë në Qendrën Klinike Universitare të Kosovës. Ai ishte Shef i Katedrës së Mjekësisë Interne, në Fakultetin e Mjekësisë, Universiteti i Prishtinës nga viti 2012-2017.
